Generasi kedua CR-V direka semula keseluruhannya, berasaskan Civic generasi ketujuh, serta digerakkan oleh enjin K20A6 (spesifikasi Malaysia). Sungguhpun kuasa kudanya semakin meningkan, model ini mengekalkan penjimatan bahan api seperti model sebelumnya hasil penggunaan sistem i-VTEC. Kerangka yang baru dibangunkan ini meningkatkan ketegaran kilasan dan lenturan, manakala sistem gantungannya menggunakan topang MacPherson dan gantungan pautan reaktif tetulang berkembar; gantungan belakang yang lebih padat ini meningkatkan ruang kargo kepada 72 ka3 (2,000 l).

Adalah dilaporkan bahawa pada lewat tahun 2003, Honda mengambil tindakan mahkamah terhadap Shuanghuan dari China dengan mengatakan model Laibao SRV keluarannya telah menciplak reka bentuk luaran CR-V.[3]